성령의 역사가 함께 하는 주님의 복음사업을 위한 거여제일교회의 첫 예배는 1966년 10월14일 거여동 202번지에서 「대한예수교 장로회 거문교회」란 이름으로 드려졌다. 비록 천막교회였지만 하나님의 인도하심으로 성도가 서로 만나 위로하고 정담을 나누며 기도하니 교회는 은혜스러웠다. 또한 성도들이 직접 블록을 찍어 그 해 11월부터는 건평 52평을 기초하고 벽을 쌓아 올렸다. 당시 교인수는 80여 명이었고 주일학교 학생은 120명이었다. 부인 전도회까지 조직된 교회로서는 교역자를 모시는 것이 급선무가 되어 기도로 간구 하던 중 1968년 3월 3일 주일부터는 김용환 전도사를 교역자로 모시게 되었다. 당시 김용환 전도사님은 연로하신 데다 다리가 불편한 몸이어서 교통이 불편한 이곳에 오가는 것이 힘들었다. 그리하여 강형균 장로를 비롯한 성도들은 하나님이 예비하신 목회자를 보내주실 것을 밤낮으로 기도하며 간구하였다. 그리하여 1968년 9월 27일 김도준 목사가 부임하게 되었다.
김도준 목사의 부임으로 성도들은 잃어버린 양떼를 찾아 전도와 사랑 나눔을 실천하였고 중단되었던 교회건축을 다시 시작했다. 물론 여기에는 해결되어야할 많은 문제들이 있었다. 그 중의 하나가 대지 문제였다. 당시 교회의 땅은 국유지였는데 이곳에는 무허가 건물을 지을 수 없다는 관청의 입장이었다. 하지만 김도준 목사를 비롯한 성도들은 낙심하지 않고 하나님께 기도한 결과, 1970년 3월 대지의 불하문제가 해결되었고 대금 또한 청산하고 나니 성도들의 기쁨은 이루 말할 수가 없었다. 교회건축을 다짐한 성도들은 1970년 4월 1일 재정부장 고재은 집사를 중심으로 건축위원회를 구성해 교회이름을 「대한예수교 장로회 거문교회」에서 「거여제일교회」로 변경하기로 새로이 기초부터 다시 짓기로 했다. 이와 함께 영적 힘을 얻기 위해 부흥회를 갖기도 했다.
매일 새벽기도 후에 성도들은 남한산성 아래 개울에 가서 모래와 자갈들을 모았고 이렇게 가져온 모래와 자갈로 교회건축을 시작하니 교회는 더욱 빠르게 지어져 갔고 얼마 후에 스레트 지붕까지 덮게 되었다. 그 후 점차적으로 벽 안와 밖을 미장하고 문짝도 만들고 유리도 끼워 교회의 면모를 완성해 나갔다. 온갖 어려움이 있었지만 하나님의 은혜로 교회는 완공되어 준공검사를 필하고 1971년 11월 9일 교회 헌당식과 김도준 목사 위임식, 제 1회 고성덕 장로장립, 이사길 장로 취임식을 거행하였다.
이와 함께 교회 당회가 구성되었으며 교회 행정 또한 체계적으로 이루어졌다. 목사님 이하 성도들 또한 열심을 내어 전도하고 하나님께 충성하고 봉사하니 교인들도 사방에서 모여, 요원의 불과 같이 교회의 부흥을 이루게 되었다. 이에 1976년 4월 교회 당회는 다시 성전 건축 위원회를 발족하였고 기도로 준비하여 1977년 9월 제 5차 교회 건축 착공식 예배를 드렸다.
